1、单病种报销一般是限额报销，即社保机构认定该病种的治疗费用为某一个固定金额，不涉及到其中费用核算等。简而言之就是明确规定某一种疾病该花多少钱，从而既避免了医疗单位滥用医疗服务项目、重复项目和分解项目，防止医院小病大治，又保证了医疗服务质量。
2、非单病种的话就要依据当事人的起付线、具体花费金额等进行核算，以核算结果为准进行报销。
单病种报销需要怎么申请
单病种报销是需要先申请后用药的。对于单行支付药品所针对的病种是否符合申请总要标准，是需要咨询当地医疗保障机构查询的。如果符合申请标准，那么就可以由病人本人或者家属，带上病人的身份证正反面复印件，银行卡复印件，病情诊断证明书，相关病历，以及病理检测报告等，到医保业务窗口申请。申请通过以后，单病种治疗所需的单行支付药品是可以纳入医保报销的，具体报销比例要咨询当地医保机构。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
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