运输合同中的赔偿额确定和货物丢失的处理是两个主要问题。对于旅客自带行李的损失赔偿，应按实际损失赔偿，但不得超过法定限额或双方约定的限额。对于旅客托运行李的损失赔偿，承运人应按照货物运输规定承担责任。在运输过程中，承运人应对旅客自带行李损失承担过错责任，除非能证明非其过错。对于托运行李的损失，承运人需证明是不可抗力、自然性质、合理损耗或托运人过错导致的才免责。
法律分析
一、怎样确定运输合同的赔偿额
1、对于旅客自带行李的损失赔偿
对于旅客自带行李损失的赔偿，一般按照实际损失赔偿，但不得超过法律规定的最高限额或者当事人双方约定的限额。
例如，《铁路旅客运输损害赔偿规定》第7条规定，每名旅客自带行李损失的赔偿责任限额为人民币800元;铁路运输企业和旅客可以书面约定高于前述规定的赔偿责任限额。
2、对于旅客托运行李的损失赔偿
对于旅客托运行李损失的赔偿，承运人应当按照货物运输的有关规定承担赔偿责任。根据《民法典》规定，货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定：没有约定或者约定不明确，依照本法的规定仍不能确定的，按照交付时货物到达地的市场价格计算。需要指出的是，其他法律如《海商法》等对此另有规定的，应当按照相应的规定处理。
二、运输合同中货物丢了怎么办
《民法典》第八百二十四条分两款规定：“在运输过程中旅客自带物品毁损、灭失的，除承运人证明自己没有过错的以外，承运人应当承担损害赔偿责任。”“旅客托运的行李毁损、灭失的，适用货物运输的有关规定。”
1、承运人对旅客自带行李损失承担损害赔偿责任的条件
自带行李在运输过程中发生损毁或者灭失，承运人对自带行李损失有过错。承运人对自带行李损失承担赔偿责任是过错责任，这不同于对旅客伤亡所负的赔偿责任。由于自带行李在运输过程中由旅客自己保管，旅客有责任看护好自己的行李，所以，除非该行李损失是因承运人过错造成的，否则，承运人不承担赔偿责任。但是，承运人应当对自带行李损失非因自己过错造成负举证责任，不能举证证明的，视为承运人有过错。
2、对托运行李损失承担损害赔偿责任的条件
旅客托运的行李毁损、灭失的，适用货运合同的有关规定，这包括承运人承担责任的免责条件在内。根据《民法典》规定，承运人对于运输过程中货物的毁损、灭失承担损害赔偿责任，但承运人证明货物的毁损、灭失是由于不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，不承担损害赔偿责任。需要指出的是，对于托运行李的灭失，不仅包括其实际灭失，也包括超过法定期限承运人仍未交付行李的推定灭失在内。例如，一般情况下，根据有关规定，承运人未在期限内将行李运达目的地交付旅客或收货人的，应承担违约责任;逾期30日(国内)仍未将行李交付的，旅客或收货人有权按行李灭失向承运人要求承担赔偿灭失的责任。
结语
在运输合同中，对于旅客自带行李损失的赔偿应按照实际损失赔偿，但不得超过法律规定的最高限额或双方约定的限额。而对于旅客托运行李的损失赔偿，承运人应按照货物运输规定承担责任。需要注意的是，托运行李的灭失包括实际灭失和超过法定期限未交付的推定灭失。承运人应对损失承担赔偿责任，除非能证明是不可抗力、货物自然性质、合理损耗或托运人、收货人的过错所致。因此，在运输合同中，双方应明确责任、限额和赔偿条件，以确保权益得到保护。
法律依据
中华人民共和国民用航空法（2021修正）：第九章公共航空运输第二节运输凭证第一百一十八条航空货运单是航空货物运输合同订立和运输条件以及承运人接受货物的初步证据。
航空货运单上关于货物的重量、尺寸、包装和包装件数的说明具有初步证据的效力。除经过承运人和托运人当面查对并在航空货运单上注明经过查对或者书写关于货物的外表情况的说明外，航空货运单上关于货物的数量、体积和情况的说明不能构成不利于承运人的证据。
中华人民共和国民用航空法（2021修正）：第九章公共航空运输第二节运输凭证第一百一十七条托运人应当对航空货运单上所填关于货物的说明和声明的正确性负责。
因航空货运单上所填的说明和声明不符合规定、不正确或者不完全，给承运人或者承运人对之负责的其他人造成损失的，托运人应当承担赔偿责任。
中华人民共和国民法典：第十九章运输合同第三节货运合同第八百二十八条托运人托运易燃、易爆、有毒、有腐蚀性、有放射性等危险物品的，应当按照国家有关危险物品运输的规定对危险物品妥善包装，做出危险物品标志和标签，并将有关危险物品的名称、性质和防范措施的书面材料提交承运人。
托运人违反前款规定的，承运人可以拒绝运输，也可以采取相应措施以避免损失的发生，因此产生的费用由托运人负担。