退回公安机关补充侦查的原因主要有人民检察院经审查之后认为主要犯罪事实不清，主要 证据 之间存在矛盾，主要情节没有查实，犯罪构成要件欠缺，遗漏重要犯罪事实及应当追究刑事责任的同案犯嫌疑，或者发现公安机关在侦查的过程当中，有对 犯罪嫌疑人 刑讯逼供，收集证据的程序涉嫌违法等
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十一条 第二款 人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。