城市房屋拆迁行政诉讼中，以人民政府为被告的一般是以下几种情形(1)由人民政府下属的“拆迁办公室”充当拆迁人同时又作出许可决定和裁决; (2)由人民政府或者土地管理局成立的临时性组织，如“拆迁指挥部”等充当拆迁人，同时作出许可决定和裁决; (3)由政府专门成立的土地储备中心充当差遣人由人民政府作出裁决。在城市房屋拆迁行政纠纷时，出现以上三种情形的，人民政府为房屋拆迁行政诉讼的被告。
关于向人民法院提起民事诉讼问题
《条例》第十五条规定：“拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在搬迁期限内拒绝搬迁的，拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以依法向人民法院起诉。起诉期间，拆迁人可以依法申请人民法院先予执行。”
法律依据：
《最高人民法院关于受理房屋拆迁、补偿、安置等案件问题的批复》 拆迁人与被拆迁人达成协议后，一方或者双方当事人反悔的，未经行政机关裁决，仅就房屋补偿、安置等问题，依法向人民法院提起诉讼的，人民法院应当作为民事案件受理。