在农村集体经济组织转制为非公有制企业后，建立良好的企业内部沟通和协作机制非常重要。以下是一些建议：
制定明确的组织结构和岗位职责：明确每个员工的岗位职责，建立清晰的组织结构，确保各部门间协作顺畅。
建立有效的沟通渠道：建立定期的会议制度，促进部门间和员工间的沟通交流；利用企业内部通讯工具，如邮件、即时通讯工具等，方便信息传递。
培养团队合作意识：开展团队建设培训，提升员工的团队合作意识和沟通能力；设立团队奖励机制，激励团队合作。
建立绩效考核机制：制定明确的绩效考核标准，激励员工积极合作；定期评估员工的工作表现，及时发现问题并加以解决。
倡导开放式管理：鼓励员工提出建议和想法，建立开放式的管理氛围；领导者要保持开放的态度，与员工保持沟通，并及时反馈。
强调团队目标：明确企业的发展目标和方向，让员工明白自己的工作如何与企业目标对齐，激发员工的工作积极性。
举个例子，某农转非企业在转制后，制定了明确的组织架构，并通过定期的部门会议和员工培训活动促进了各部门间的沟通和协作。同时，该企业建立了绩效考核机制，激励员工团队合作，取得了良好的经营业绩。
综上所述，建立良好的企业内部沟通和协作机制需要全员参与，领导者要起到表率作用，通过多种方式激励员工积极配合，从而实现企业的可持续发展。