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A、培养微生物要防止杂菌污染,所以要对培养基及和培养有关仪器都要灭菌,A正确;
B、接种用金属接种工具应该使用灼烧灭菌,B正确;
C、因为是观察单个菌落,应该用平板划线法或稀释涂布平板法接种,C错误;
D、防止培养盖上的水珠落下污染培养基,要倒置培养基,37℃恒温培养48~72小时后观察,D正确.
故选:C.