“嘧啶型”三螺旋DNA研究进展
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自从Arnott等人通过低分辨率X射线衍射构建出d(T)n·d(A)n·d(T)n的三螺旋模型以来，这个模型在过去的二十年间作为研究Y·RY型三螺旋结构的重要参考。Arnott模型被描述为A型DNA，糖环构象是N型（C3′-endo），每周期包含12个核苷酸，平均碱基高度为32.6nm，且有负的X位移值(-32nm)。然而，这一模型最近受到了一系列实验结果的质疑。
Howard等人通过红外光谱分析以及偏端霉素A嵌入实验（偏端霉素A只与B型DNA结合而不与A型结合）提出了新的三螺旋结构模型，挑战了Arnott的模型。他们认为d(T)n·d(A)n·d(T)n实际上采取B型结构，糖环构象变为C2′-endo（S型），所有三条核苷酸链的糖-磷酸主链构象相同。与Arnott模型不同的是，这个B型模型在两个反平行的T链间存在二重对称轴，能量上也更为稳定。Raghunathan等人还提供了B型三螺旋的初始坐标，进一步支持了这个新模型。
分子模型和振动谱研究显示，d(G)n·d(G)n·d(C)n和d(G)n·d(A)n·d(T)n三螺旋中，存在S型和N型两种糖环构象，糖环的二面角处于anti区。C链为S型，而Watson-Crick构象的G链是N型。分子动力学模拟也显示出YRY型三螺旋与Arnott模型存在显著差异。
尽管有这些新的发现，关于三螺旋究竟是A型、B型还是A型与B型的混合体，还需要进一步的实验证实。目前的证据表明，A型和B型模型都有可能存在，但具体哪种结构更符合实际情况，还需要科研人员的深入探究。
